Синдзи Икари — обычный подросток с необычной страстью к апельсинам и привычкой разбирать чужие мотивы до винтика. Жизнь его тиха: школа, дядя, кузина-вредина и редкие письма от отца-учёного, который предпочитает бумажные конверты электронной почте. Но однажды Гендо зовёт сына в засекреченный комплекс NERV, и Синдзи, не задав лишних вопросов, садится в пустой поезд до Токио-3. Там его ждёт не просто встреча с отцом, а гигантский робот Ева-01, погружённый в оранжевую жидкость, — и предложение стать его пилотом.

Синдзи боится, не верит в себя бойцом, но соглашается: Икари не отступают перед долгом. Теперь он под крылом взбалмошной капитана Мисато, по соседству с молчаливой синеволосой Рей, которая общается преимущественно средним пальцем. Апельсиновый сок в холодильнике есть, но вот грозящий человечеству враг — существа, для борьбы с которыми и строили Еву — уже на подходе, и Синдзи ещё не представляет, какой ценой обойдётся его первый выход в бой.